Nagato (長門) Es el creador de Akatsuki y el que dirige las actuaciones de la misma. Tiene el anillo 零 (れい, Rei, cero/nada/exceso), y lo lleva en el pulgar derecho. Es el que inicia y supervisa la técnica que saca al Bijū de un jinchūriki capturado, invocando la gran estatua. Además, es el que realiza la técnica de cambio de forma que se usó para retener a los ninjas de Konoha en el intento de rescate de Gaara.

Tiene la habilidad de cambiar de cuerpo, de la cual aun no se sabe nada más. Su verdadero nombre es Nagato, y fue uno de los 3 niños huerfanos que fueron entrenados por Jiraiya durante 3 años. Nagato es el poseedor del mas poderoso de los 3 grandes Dōjutsu, el Rinnegan, el cual se creia que era un mito. Hasta ahora sus unicas técnicas conocidas son su habilidad para controlar la lluvia y la de cambiar de cuerpo. puede usar un jutsu que le permite detectar perturbaciones o irrupciones gracias a la lluvia que crea. Tiene la capacidad de detener o provocar ésta, como demuestra al detenerla para que Konan realice su técnica. Se revela que pertenece al clan Fūma.

La principal habilidad que poseia Nagato era poder dominar los 6 elementos gracias al rinnengan.

Otra habilidad es que puede tener varios cuerpos que pueden ver lo mismo, osea como una vision muy mejorada ya que todos pueden ver lo que ven todos, posiblemente esta habilidad es gracias al rinnengan y posiblemente el rinnegan no se limite a esto. Se desconoce lo ocurrido con Nagato desde que Jiraiya les dejó, hasta que empezó a actuar con Akatsuki, aunque éste afirma que oyó rumores de que siempre vencían a sus oponentes. Por su protector tachado, perteneció a la Aldea Oculta de la Lluvia que pasó a liderar tras acabar con Salamandra Hanzō, anterior dirigente. Al momento de su aparición, Nagato se presentaba con un cuerpo parecido al de Yahiko. Posteriormente, se traslada a uno pelirrojo que tiene un protector tachado de la Aldea Oculta de la Lluvia para su lucha con Jiraiya.

Pein (ペイン) Seis  ninjas supuestamente manipulados por Nagato, debido a que los 6 ninjas son usuarios del Rinnegan, y ademas por tener cada uno un protector de la Aldea Oculta de la Lluvia, se les denomina como Pein (Dolor). Se le ven por primera vez en el capitulo 369 cuando uno de ellos se le ve entrando a otra habitación donde hay 5 cuerpos mas con el traje de Akatsuki y se mete en una especie de capsula, para luego cambiar de cuerpo y asi enfrentarse a Jiraiya.

El primer ninja en aparecer ante Jiraiya es un ninja del clan fuma que se especializa en hacer numerosas invocaciones, en su ultima invocacion invoco a dos akatsukis mas. Uno de ellos con aspecto obeso que tenia la habilidad de absorber los ninjutsus. mientras que el otro se le desconoce debido a que Jiraiya lo privo de los ojos en su ataque.

Después de una ardua pelea, (gracias a un poderoso genjutsu en modo ermitaño) logra inmovilizar a los 3 cuerpos de Pein, para después clavarles espadas en el pecho de cada uno; cuando Jiraiya ya se está retirando es atacado por sorpresa por un cuerpo mas de Pein, como consecuencia pierde un brazo; ahí son revelados los 2 últimos cuerpos de Pein.

Jiraiya queda sorprendido cuando los 6 cuerpos de Pein incluso los que habia matado se muestran en frente de él como "Lo 6 caminos de Pein" o los "6 caminos del dolor" y entonces el cuerpo que se parece a Yahiko le dice que Pein es el nombre compartido por los 6; ahí es cuando Jiraiya nota su parecido con Yahiko y al preguntar por quien es realmente solo le atina a decir "Somos Pein... Somos Dios".

Itachi desde niño, fue considerado como un genio en las artes ninja. Se graduó en la academia de ninjas a la corta edad de 7 años y despertó su Sharingan con tan solo 8, 5 años menos que lo que tarda su hermano pequeño Sasuke (12 años) y con solo 10 años ya se había convertido en Chuunin.

Para hacerse una idea del poder de Itachi basta decir que el sharingan que realmente quería Orochimaru para ser su contenedor era realmente el suyo, pero no pudo tomar el cuerpo de Itachi ya que era muy poderoso, y también se vio casi forzado a abandonar Akatsuki cuando se incorporó Itachi a esta Organización.

A la edad de 13, ante la insistencia de su padre, policía de Konoha, comienza a hacer misiones como ANBU hasta convertirse en capitán (Taicho) de un escuadrón ANBU.

Es por este tiempo cuando la decepción de Itachi con su clan comieza a hacerse latente, porque entiende que se están conformando con el poder que tienen sin intentar explotar al maximo sus habilidades.

A medida que pasa el tiempo Itachi se siente más incómodo y decepcionado con su clan, hasta que un día se produce una reunión de los Uchiha a la que Itachi rehusa ir argumentando que tiene una misión muy importante.

Al día siguiente, unos policías miembros del clan Uchiha se presentan en la casa de los padres de Itachi para preguntarle a éste por su ausencia y la de su mejor amigo, Uchiha Shisui, el cual había aparecido muerto: en teoría, se había suicidado.

Los investigadores de la policía comienzan a insinuar una posible involucración de Itachi en esta muerte, lo cual acaba por desatar la furia de Itachi, que les pega una paliza para acabar lanzando un kunai contra uno de los emblemas del clan pintado en una pared.

La furia contra su clan ya no tiene remedio e Itachi está decidido a "hacer algo" por él y su hermano pequeño.

En el Ultimo momento, Itachi alcanza a mirar a Sasuke con sus ojos empezando a cambiar a una forma extraña, que era el Mangekyou Sharingan.

Kisame es uno de los miembros de la Organización Akatsuki. Lleva el anillo 南斗 (なんじゅ, Nanju, Estrella del Sur), en el dedo anular izquierdo. Su compañero es Itachi Uchiha, con el que parece funcionar y llevarse bien.

Es conocido por asesinar a un señor feudal del País del Agua, y por ser uno de los 7 espadachines legendarios de la Aldea Oculta de la Niebla.

Su rasgo más característico es que a simple vista recuerda a un tiburón. Kisame, de hecho, significa Tiburón demonio. Su piel es de color azul pálido, tiene unos ojos blancos y pequeños, y en las mejillas tiene unas marcas que parecen branquias. Tiene el pelo azul y encrespado, y es bastante alto.

Va portando una enorme espada, normalmente envuelta en vendas, llamada Samehada (鮫肌 Piel de tiburón) hecha de escamas de tiburón. Su función no es cortar, sino desgarrar aquello que toca. (Nótese que la piel de tiburón es tan áspera que antaño se usaba como papel de lija) Además, roba el chakra a sus rivales y posee voluntad propia, ya que solo permite que Kisame la use. Ademas Samehada es capaz de regresar a la mano de Kisame por voluntad propia.

Es muy violento y le encanta pelear. Es un maestro de las técnicas de agua, llegando a crear enormes cantidades del líquido de la nada. Posee una cantidad gigantesca de chakra, tanto que cuando Neji le ve con su Byakugan dice que no había visto tal cantidad de chakra desde que lucho con Naruto y eso que Kisame solo estaba usando el 30% de su chakra. Ademas de esto Kisame posee una fuerza fisica sobrehumana.

Hidan y su compañero de equipo es Kakuzu, con el que no se lleva bien, a pesar de formar un buen equipo en la lucha. Lleva el anillo 三台(Los tres niveles), en el dedo índice izquierdo.

Hidan es alto, con los ojos de color violeta, y el pelo grisáceo peinado hacia atrás. Lleva el atuendo rojo y negro de Akatsuki, aunque visiblemente holgado, revelando su pecho. Lleva un colgante con un círculo con un triángulo inscrito, relacionado con sus creencias.

Su protector es similar al de la Aldea Oculta de la Lluvia, pero sólo consta de tres rayas que no son horizontales como las de aquella aldea, sino inclinadas, por lo que su procedencia aún es desconocida.

Posee una inmortalidad en apariencia absoluta. Aunque le corten la cabeza, le atraviesen el corazón, o lo desmiembren, él sigue vivo, aunque es incapaz de recomponerse sin ayuda de otro. Es un fanático de la ficticia religión de Jashin, cuyo precepto es la Masacre Total.

Su arma es una gran guadaña de tres hojas cuyo mango puede alargar, aunque reconoce que su ataque es uno de los más lentos de Akatsuki. Sin embargo, el ataque principal de Hidan es mucho más elaborado. Una vez que consigue herir a su oponente, toma unas gotas de la sangre de éste de su guadaña, y empieza un ritual de sacrificio relativo a su religión, con el que maldice a su enemigo. Para ello, dibuja en el suelo un círculo con un triángulo inscrito, con su propia sangre, y su piel cambia de aspecto, volviéndose blanca y negra, y dándole un aspecto que recuerda vagamente a un esqueleto. Mientras Hidan esté dentro del círculo, cualquier daño que se haga a sí mismo o que otro le haga, se refleja automáticamente en aquel a quien maldijo al beber su sangre. Puesto que Hidan no puede morir por mucho daño que se realice en su propio cuerpo, puede conseguir con esto la muerte de cualquiera, generalmente atravesando su propio corazón, aunque a veces prefiere jugar con su presa, hiriéndose antes en otros puntos.

Saca de quicio a su compañero con sus rezos y largos rituales. Alardea a menudo y se las da de fuerte, incluso con el líder. Habla sin parar, empleando muchos tacos, y es muy impulsivo y descuidado, como Kakuzu le recuerda continuamente .

Kakuzu Lleva el anillo 北斗 (Estrella del norte) en el dedo medio izquierdo. Su compañero es Hidan, con el que no se lleva bien, a pesar de lo cual forman un buen equipo en la lucha. Es el tesorero de la organización.

Proviene de la Aldea Oculta de la Cascada, como acredita su protector. Aparece por primera vez en el capítulo 312 del manga . Tiene los ojos blancos. En Akatsuki ostenta el título de tesorero, siendo alguien que está obsesionado con el dinero, al igual que Hidan lo está con su religión. Su cuerpo parece estar hecho de muchos pedazos distintos, unidos por una gran maraña de hilos negros. Puede separar partes de éste por completo, o hacerlas extensibles mediante estos cables.

Gracias a esos hilos que maneja, Kakuzu tiene la habilidad de robar los corazones aún vivos de otros ninjas para posponer su muerte, incorporándolos, y sustituyéndolos por otros cuando estos mueren. Esta técnica le ha permitido vivir lo suficiente como para ser alguien que se ha enfrentado al primer Hokage de Konoha, muchos años atrás. Con esto gana además la habilidad de manejar técnicas elementales, aquellas que requieren moldear el chakra conforme a un determinado elemento, pudiendo hacer, con los cuatro corazones adquiridos, además del suyo, técnicas de los cinco tipos que existen.

Tiene un carácter violento, lo cual le ha hecho matar ya a algunos de sus compañeros. Sin embargo, como le confiesa al hombre del mercado negro de recompensas, Hidan, con su inmortalidad es su compañero ideal, porque a pesar de que le pone de los nervios a menudo, no puede matarle, evitando así Akatsuki tener que estar buscando miembros nuevos para que le acompañen.

Deidara

Deidara es un hombre alto con los ojos azules y el pelo rubio, peinado de tal forma que le tapa el lateral izquierdo de la cara. Su principal peculiaridad es que en cada palma de sus manos tiene una boca humana, con dientes y lengua, que escupe arcilla. Con esta arcilla, Deidara lleva a cabo su principal técnica: la creación de animales de arcilla cargados de chakra que se mueven como si fueran reales a voluntad de él, y que a su orden pueden explotar con gran potencia.

En su ojo izquierdo lleva una mirilla telescópica para poder ver con precisión lo que ocurre a distancia. Más tarde revela que ha entrenado ese ojo para evitar en el genjutsu de Itachi.

Avanzada la historia, se revela que fue reclutado a la fuerza por Itachi, Kisame y Sasori siguiendo las órdenes del líder de Akatsuki. Además, ambos brazos parecen cosidos entre el codo y el hombro,(ya que uno de ellos fue arrancado por Gaara y el otro al autoinmolarse en la batalla contra Naruto y Kakashi; las costuras fueron hechas por Kakuzu, otro miembro del Akatsuki). Ésta le sobreviene cuando descose una boca en su pecho, sobre el corazón, con la que puede autodestruirse creando una gigantesca explosión, que usa para intentar acabar con Sasuke Uchiha.

Deidara considera que el verdadero arte es aquello efímero, como sus animales de arcilla, que acaban su existencia en una gran explosión (Por lo que dice en repetidas ocasiones que "El arte es una explosión"). Por esto mantuvo muchas discusiones con Sasori, al que a pesar de todo apreciaba, por ser un artista como él, aunque de lo eterno, en lugar de lo efímero.

Su siguiente compañero en Akatsuki es Tobi, alguien que le pone de los nervios. Deidara ve a éste como alguien poco serio como para estar en la organización, como fuera de lugar junto a toda esa gente silenciosa y despiadada. La costumbre de Tobi de hablar a gritos, y la forma extravertida de expresarse, unido a sus inoportunos comentarios hacen que en muchas ocasiones Deidara se enfade con él, entrando en peleas, la mayor parte de las veces cómicas, aunque en otras, como tras la captura de Sanbi, la toma con él a bombazos. Sin embargo, durante el combate contra Sasuke reconoce que siente aprecio por su compañero al protegerlo durante la feroz lucha y disculparse con él por inmolarse.

Zetsu lleva el anillo con el kanji 亥 (Genbu, Tortuga), en el dedo meñique derecho. No se conoce si tiene compañero en la organización, aunque podria ser Tobi, ya que el compañero de este murió.

El misterioso Zetsu, un ninja renegado, tiene el pelo verde, los ojos amarillos, y su cuerpo está dentro de una gran Venus Atrapamoscas también verde. Además, éste parece estar dividido en dos mitades bien diferenciadas, una blanca y otra negra. Parece tener un desdoblamiento de personalidad: la mitad blanca habla sólo en katakana (que podría indicar una voz robótica), mientras que el lado negro usa kanji y kana de ambos tipos. Las dos mitades pueden conversar entre sí, y a veces discutir. Tras la muerte de Sasori, no se ponían de acuerdo sobre si Tobi (un subordinado de Zetsu) debía entrar a Akatsuki para sustituirle, aunque finalmente es admitido, como sugería la mitad blanca.

No se sabe cuánto poder tiene en la organización, puesto que a veces incluso influye directamente en las decisiones del líder.

Tiene la capacidad de combinarse con la tierra y los árboles, pudiendo recorrer grandes distancias en poco tiempo. Zetsu a menudo es enviado como explorador o mensajero del líder. Además de sus habilidades como espía, también es un cazador ninja, y puede eliminar cadáveres mediante canibalismo. Tiene una visión superior, similar a la del Byakugan.

Orochimaru es un ex-estudiante del tercer Hokage. Orochimaru y sus ex-compañeros de equipo, Jiraiya y Tsunade, se conocen como los Sannin legendarios (伝説の三忍, Densetsu no Sannin^?) o simplemente Sannin.

Después de dejar Konoha, Orochimaru entró en Akatsuki, donde pasó a estar en el equipo de Sasori. Mientras que él estuvo en ella, el nombre de la organización era desconocido. También se sabe que intentó tomar el control del cuerpo de Itachi Uchiha para conseguir su Sharingan. Debido a sus capacidades, Itachi pudo prever las intenciones de Orochimaru, y cortarle la mano en que llevaba su anillo de Akatsuki. Al no poder tomar el cuerpo de Itachi, Orochimaru dejó la organización. Al dejar al grupo, Orochimaru se llevó su anillo con él, y Akatsuki está, quizás consecuentemente, preocupada por capturarlo desde entonces.

El ser uno de los legendarios Sannin así como un miembro anterior de la Organización Akatsuki, Orochimaru es un ninja muy talentoso. Sin embargo, él ha exhibido solamente una cantidad limitada de jutsu. Desde que se fue de Konoha ha hecho muchas modificaciones a su cuerpo, dando por resultado su forma natural actual que es el de una serpiente blanca gigante integrada por muchas serpientes más pequeñas. Esta forma tiene las ventajas de permitir que él estire a cualquier parte de su cuerpo grandes longitudes, regenera cualquier herida infligidas sobre él, y utiliza de otra manera las serpientes que lo componen para de ataque. La culminación de su investigación en inmortalidad se puede también encontrar en esta forma, pues permite que él transfiera a un nuevo cuerpo su alma una vez cada tres años y que escape de los efectos de la vejez. Al principio de la serie, Orochimaru dice haber utilizado la capacidad dos veces, aunque una mirada dentro de su subconsciente sugiere que él lo haya utilizado más.

Sasori (サソリ, escorpión) Su nombre completo es Akasuna no Sasori (Escorpión de la Arena Roja).

Aunque normalmente se oculta dentro de una marioneta mayor, Hiruko, su verdadero cuerpo es una marioneta en sí mismo. Ojeroso pero con apariencia de niño angelical, tiene sin embargo un mínimo de 30 años. Su color de pelo es el naranja rojizo y el de sus ojos el miel. (Según la portada del manga y la imagen de ranking de Shōnen Jump) Su cuerpo no es ya humano más que en una pequeña proporción. Experimentando, consiguió convertirse a sí mismo en una marioneta casi por completo, por lo que su cuerpo es mecánico y artificial. La única parte viva está en un contenedor con el kanji Sasori que sobresale de su pecho. No puede desprenderse de él porque necesita tejido vivo para generar chakra, aunque su verdadero objetivo era convertirse por completo en una marioneta y así garantizarse la inmortalidad. Al ser el artificial, esta dividido en piezas, además de tener múltiples trampas ocultas. En su estómago guarda una gran extensión de cuerda con un gancho al final. En su personalidad, es soberbio, galante y elegante.

Procede de la Aldea Oculta de la Arena. Su maestra fue la vieja Chiyo, que además era su abuela. El padre de Kakashi, Sakumo Hatake, mató a sus padres, pero Chiyo le enseño a controlar las marionetas y le dijo que se hiciera su propia marioneta asi que él hizo unas marionetas identicas a sus padres para tenerlos a su lado . Sasori acabaría enloqueciendo, y construyendo distintas marionetas, hasta que finalmente abandonó la aldea. A su ingreso en Akatsuki ya se ocultaba permanentemente dentro de una marioneta creada por él, con una gran cola de escorpión, en referencia a su nombre. Normalmente ésta no se distinguía como marioneta al ir bajo las ropas de Akatsuki y llevar la cara tapada. Por ese motivo, nadie en la organización conocía su verdadero aspecto, ni siquiera los espías a su servicio particular.

En su primera etapa en la organización fue compañero de Orochimaru, hasta que él les abandonó. Desde entonces, a su lado estuvo Deidara. Aunque discrepan en el concepto de arte (él dice que algo efímero y explosivo, y Sasori cree que es algo que dura para siempre) se respetan y trabajan bien juntos. Se desconoce su relación con el resto de los integrantes de Akatsuki, excepto con Itachi, con el que parece no congeniar.

Konan (小南, Konan) es una chica de pelo azul con un adorno en el pelo en forma de flor, hecho de papel. Hasta donde se ha visto, acompaña a Pein en la Aldea Oculta de la Lluvia, y sigue sus órdenes. Tiene el anillo 白 (blanco).

Konan puede realizar un jutsu por el cual todo su cuerpo se descompone en multitud de hojas de papel, que luego se pliegan para crear mariposas mediante origami. Pein retira la lluvia que crea mientras ella realiza esta técnica. Recientemente Jiraiya se encuentra con ella y al parecer el fue su maestro.

Jiraiya, por lo que comenta en el capírtulo 371 del manga, parece conocerla bien, desde que ella era más joven. En el manga 372 en un recuerdo de Jiraiya parece ser que era una huerfana de la aldea de la lluvia junto con Pein (Nagato) y otro chico del cual se desconoce su nombre y este cuido de ellos.

Durante el etrenamiento, Konan aprende a usar el origami como arma, lanzando shurikens de papel.